L'S5000 costituisce una scelta alternativa al più costoso S6000. Pur non essendo come quest'ultimo un sistema "full option", l'S5000 può contare su numerose possibilità di espansione che ne fanno una macchina aperta ed in grado di crescere con le esigenze dell'utente.

La seguente lista riassume le principali differenze fra i due campionatori indicando anche, dove disponibili, le espansioni per l'S5000.

- Interfaccia operativa. La principale differenza nell'utilizzo dell'S5000 è data dalla mancanza del pannello di controllo removibile. L'S5000 mette tuttavia a disposizione dell'utente lo stesso display grafico e gli stessi controlli operativi presenti sull'S6000, con la sola eccezione dei tre User Key assegnabili. Questa mancanza, pur limitando la praticità d'uso in studio, rende l'S5000 più compatto e forse ancora più indicato per situazioni Live, considerando anche l'ingombro ridotto a 3 unità rack. Il sistema operativo è lo stesso utilizzato dall'S6000.

- Polifonia. L'S5000 dispone di una polifonia di 64 note (espandibile a 128 tramite la scheda opzionale VOX-64).

- I/O Analogico. Sono presenti 8 uscite separate sbilanciate (espandibili a 16 tramite la scheda opzionale IB-S508P). Non sono disponibili connessioni bilanciate (XLR) e gli ingressi analogici sono presenti solo sul pannello anteriore (jack bilanciati).

- Processori effetti. Non sono presenti processori effetti. È tuttavia possibile installare la stessa scheda effetti (EB-20) presente di serie sull'S6000.

- Slot frontale. Non è presente lo slot frontale per l'unità removibile (Zip, Jaz), che può tuttavia essere installata al posto del drive FDD. È inoltre possibile installare un Hard Disk SCSI all'interno.